と畜場に運び込まれた牛・豚などの家畜を、その場で皮膚の状態や栄養状態を見たり、触ったり、聴診、体温の測定などを行います。

病気が疑われる家畜については、必要に応じて血液検査などを行い、食用とできない病気にかかっていることが分かった場合は、とさつを禁止します。

次に、解体された家畜の頭部、内臓、枝肉の検査を行います｡

それぞれの部位を、見たり(視診)、触ったり(触診)して異常があるかないかを調べ、食用に適さないものは一部あるいは１頭すべてを廃棄させます。また、特定の病気や異常の有無がはっきりしない場合は、検体を検査室に運び精密検査を行います。

【内臓検査】

家畜の肺、心臓、肝臓、胃、小腸、大腸などの臓器やリンパ節などの検査をします。

【枝肉検査】

筋肉、脂肪、腎臓、リンパ節などの検査をします｡

生体検査、解体後検査で異常の有無が判断できない場合は、検査室で精密検査を行い、最終的な判断を行います。

【微生物検査】

培養などにより病原菌の有無について検査します。

また、枝肉などの微生物汚染について調べ、衛生的に取り扱われていることを確認します。

【病理学的検査】

異常な部位の顕微鏡標本を作製し、炎症、腫瘍、白血病など肉眼の検査で分かりにくい病変について細胞レベルの検査を行います。

【理化学的検査】

血液、筋肉、内臓などに含まれる成分を分析し、黄疸、尿毒症などについて検査します。

また、家畜の病気予防や治療のために使用された抗菌性物質などが残留していないかどうかの検査も行います。

【牛海綿状脳症(BSE)スクリーニング検査】

と畜場でとさつされる牛すべてに対してBSE検査を実施しています｡

と畜場においてはスクリーニング検査という、一次検査をします(エライザ法)｡

この検査で陽性と判定されると、ただちに国の専門機関に送付され、さらに精密な検査が行われ、本当にBSEであるかどうかが判断されます。

これらの検査が終わるまで、処理された枝肉、内臓などはと畜場内に保管され、BSEであることが確認された場合は、すべて焼却処分されます。

このような厳密な検査に合格した枝肉のみが、検査合格の印（検印）が押され、食用として出荷されます。