企画情報部
公衆衛生に関する情報収集・解析・提供や、感染症情報センターとして感染症発生動向調査の情報を提供する他、得られたデータに関連する調査研究を行っています。また、年報・所報・技術情報等、当所の事業内容や研究成果を紹介する刊行物の発行も行っています。
公衆衛生に関する情報の解析・提供
医療計画課が厚生労働省より供与されている人口動態データを用い、愛知県衛生年報作成のための集計を一部行うほか、愛知県民の平均余命の算出及び死因分析を行っています。
また、愛知県内市町村別生命表及び市町村別・疾病別・性別標準化死亡比（SMR）を算出し、衛生行政政策の策定及び評価の基礎資料として県内保健所に情報提供を行っています。
感染症発生動向調査の情報提供
「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」に基づき、感染症の発生情報の正確な把握と分析、その結果の的確な提供・公開を目的として感染症発生動向調査が実施されており、企画情報部には愛知県の基幹地方感染症情報センターが設置されています。医療機関から管轄保健所に集められた情報を確認・集計し、「愛知県感染症情報（週報・月報）」などとして情報提供を行っています。
結核菌の遺伝子型別検査事業による県内状況の解析
愛知県では結核菌の感染源及び感染経路等の究明を目的として、2016年9月より結核菌遺伝子型別検査事業（VNTR検査事業）が開始されました。本事業では、愛知県保健所が結核菌の菌株収集及び患者への疫学情報の聞き取り調査を行い、当所 生物学部 細菌研究室がVNTR(Variable Number of Tandem Repeats)法による遺伝子型別解析を実施しています。企画情報部では、VNTR型と患者疫学情報を連結させたデータベースの作成及び県内状況の解析を担当しています。
各種刊行物
「愛知県衛生研究所年報」、「愛知県衛生研究所報」及び「愛知衛研技術情報」を発行しています。